O início do século XXI foi bem complicado para o Ferroviário. Atraso de salários, rotatividade no elenco, greve de jogadores, luta contra o rebaixamento, entre outras mazelas. Porém, a temporada de 2003 em nível estadual foi um ponto fora da curva. Impulsionados pela dinâmica do treinador Roberto Palmiéri, ex-goleiro do Bangu/RJ e do Botafogo/RJ, o time coral chegou a uma decisão de turno contra o Fortaleza. Porém, para carimbar o passaporte para essa final, precisou correr atrás do resultado na semifinal contra o Itapipoca diante de 2.416 pagantes no Elzir Cabral. O vídeo acima mostra bem o ritmo de jogo. Depois de abrir 2×0 no início da etapa final com gols de Danilo e Guedinho, o Tubarão da Barra relaxou e sofreu o empate. Porém, conseguiu a vitória com mais dois gols. Adriano Silva e Renatinho marcaram. Esse último era cria da base coral e fez um golaço que já garantia, pelo menos, o vice-campeonato estadual para o Ferrão. Naquele feriado de 19 de março, padroeiro do próprio Ferroviário, o time formou com Zezinho, Arildo, Marcos Aurélio, Aldemir e Adriano Silva (Pastor); Cícero César, Édio, Júnior Cearense e Adriano Cearense; Danilo (Renatinho) e Guedinho (Júnior Juazeiro). Treinado por Danilo Augusto, o Itapipoca foi eliminado do campeonato com Eufrásio, George (Luizão), Lopes, Júnior Umirim (Juvemar) e Célio; Ivair, Renato Frota, Júnior Moura e Zé Carlos; Ednardo (Dida) e Stênio. Na final contra o Fortaleza, o Leão levou a melhor. O Ferrão garantiu uma vaga na Copa do Brasil de 2004, quando enfrentou o Corinthians/SP, porém voltou a lutar contra o rebaixamento em nível estadual. Naquele início dos anos 2000, a temporada de 2003, mesmo com um time modesto, foi definitivamente uma exceção.